Yo tambien tenia el mismo problema con un script de nivel, pero cuando hago lo que dices primero script de nivel y luego descompilar y cambio el 0xFFFF por 0x0, lo compilo, cierro el XSE, lo vuelvo a abrir y me sale esto en el XSE:

#org 0x(offset)
end

no me lo deja compilar sabes la solucion?
saludos