Quiza le falte usar la opcion " Create IPS Patch" en el lips, a mi me pasaba lo mismo asi que segui una guia en google (larga vida a google)que decia que para solucionarlo habia que seguir las siguientes instrucciones:
1_Tener Rom base (sin mugs) del Hack-Rom.
2_Tener el archivo IPS del Hack-Rom que queremos jugar.
3_Hacer el mismo procedimiento que enseño Kaliser arriba.
4_(Lo que falto)Abrir Lips y seleccionar la opcion " Create IPS Patch".
5_Nos aparecera una ventana nueva y debemos elegir el Roma base LIMPIO (sin parchear, para esto debemos hacer obligatoriamente una copia del Rom base).
6_Esta vez, elegir el Rom parcheado anteriormente( el del paso 3).
7_(Ultimo paso)Seleccionar el parche o archivo IPS, osea, cuando descargarmos el Hack-Rom( es facil de identificar, ya que tiene el icono de la luna del Lips) ylisto, ya puedes jugar. Espero que funcione.