Puede ser que las paletas no se hayan guardado bien o que el tile tenga algún fallo. Intenta, si no lo has hecho, a darle en el editor de tiles del Amap, a darle a:
Palettes>Load current palette from file

Luego, le das a Write palette changes to rom

Esto sólo está disponible en el Amap 1.92, no sé por qué :S

Si ya has hecho eso, tiene que ser del tile, o si no, prueba a usar otro rom, si no tienes mucho adelantado. Hay veces que los roms se echan a perder por tonterías...