1.- No tendría porque arruinarse tu script, ya que, estás agregando espacio, no borrando.
2.- Si pretendes usar scripts que ya trae la ROM por defecto, en ese caso podrías arruinar algo. Pero, si planeas hacerlo todo tu, osea, desde 0, no hay problema en que borres los Scripts. (Aunque te recomiendo mantener los de nivel, ya que algunos de estos contienen las posiciones de vuelo, etc)
3.- No, para nada. Puedes cambiar los textos por los que tu desees, si te quedas sin espacio, deberás repuntear.
4.- Personalmente... si, borro los scripts. (No lo hago por ahorrar espacio, sino, para hacerlo todo "desde 0")
5.- Si ya instalaste una rom base... mmm... puede dañarse. Porque el parche lo crearon en una ROM limpia... y en tu caso, la estarías insertando en una ROM modificada.
6.- No tengo nombres específicos, la mejor forma sería que tu probaras... a veces la mejor forma de aprender es arruinarlo todo.
7.- Si, es muy recomendable hacer copias de la ROM

Saludos.