¿Que advance map utilizas?
Igualmente, tu en el cabezal del mapa pones la condicion para que se ejecute.
Por ejemplo si pones en "Flag" 40FF y en value 0000.
Siempre que la variable 40FF sea 0 se ejecutará tu script de nivel.

Una vez se ejecuta tu script de nivel, puedes hacer lo siguiente.

#org 0x
checkflag 0xmismo_evento
if 0x1 goto 0xnada_temporal
loquesea
setflag 0xmismo evento
end

#org 0xnada_temporal
checkflag 0xflag_otroevento
if 0x1 goto 0xevento2
end

#org 0xevento2
loquesea
setvar 0x40FF 0x1
end


(Luego ya solo queda poner en el otro evento, que tenga que pasar, para quer se ejecute el "evento2" del script de nivel, activar la flag que pusiste...)

Saludos!