Deberías leerte un tutorial sobre Scripts, este es buenísimo (no lo digo porque lo esté haciendo yo). Hay una cosa que aún no he explicado, y que para lo que tú necesitas es el hidesprite y asignarle una flag al mini.

hidesprite 0xNº de mini
setflag 0xFlag del mini
fadescreen 0x1
pause 0x20
fadescreen 0x0

Los fadescreen son para hacerlo más realista, eso si desaparece en el lugar, si desaparece mientras camina sería con un simple applymovement, lo haces salir de la pantalla y zas, hidesprite. Obviamente, necesitas un waitmovement.