A parte de lo que dice Maxi, puedes editar esos signos con unLZ para que sean transparentes, aunque esto no es nada profesional xD
Yo te recomiendo que modifiques el script. Al fin y al cabo, sin te van a dar un pokémon sí o sí no es necesario lo de la mochila y tal.
A parte de eso, deberías aprender a hacer scripts, modificando cosas simples del rom no se llega a hacer un hack decente. Vamos, es mejor dedicar ese tiempo a leer un buen tutorial.