Yo tengo lo solución: :D

Duda 1: Despues de hacer tus cambios en la Rom, solo guarda tus modificaciones, y despues carga el mismo archivo que usó en Advance Map, el que tiene la extención .gba o .bin, con un emulator. Yo recomendo a VisualBoyAdvance, y lo puede descargar aquí.

Duda 2: No creo que no haya un tutorial para esto en WaH!, pues bien, lo haré más tarde. Depués de hecho, te daré el link por perfil, ¿ok?.

Duda 3: Creo que es algo como esto: http://wahackforo.com/t-Cambiando-los-flies-posiciones-de-vuelo. Disfrutádlo, es de @Rogell-Paradox .

Duda 4: Esto se haría con scripts, pero te recomiendo comenzar con el básico. Este Tutorial Extenso sobre Scripts de @Ciro puede ayudarlo.

Disfruta de los tutos que te mostré, y siempre que tener una duda, la exponga aquí, certamente alguién o ayudará.

Suerte en tu nuevo proyecto!
Me despido.