Mirá, puede ser que se vuelva todo negro porque si bien las paletas parecen las mismas puede ser que el color no sea el correcto, te recomiendo que recolorees el tile con los colores originales de la paleta del A-map, porque los colores en GBA no tienen el mismo formato. Puede ser eso, sino me avisas.

Por cierto, no te olvides de darle al write palets chages to rom.