APE es compatible con todos los ROMs de GBA :D Aunque puede que no tengas bookmarks. Bueno, la cosa está en buscar la paleta (si no sabes donde está). Puedes hacer 2 cosas:
1. Intentar encontrar el offset
2. Coger las paletas a mano y dárselas a APE para que te busque la paleta
Una vez la encuentres, solo tienes que editarla.