A ver... La animacion no te aparece, porque como bien dice javi, las animaciones de puertas se asignan a un bloque en especial de cada tileset.

Para cambiar la animacion, pordes usar, tilemolester, tiled2002, ó el Door manager.
Para cambiar el bloque en el que aparece la animacion de la puerta, lo podes hacer viendo los datos hexadecimales de la puerta y editar el numero del byte del bloque en el que aparece en cualquier editor hex.

Igual, es dificil de conplrender, te recomiendo que solo cambies la animacion y pongas tu puerta en el mismo lugar que a anterior...