Eso ya es con flags, lee ese apartado en el tutorial que lees o si no lo hay busca por ahí. No obstante, cuando te da el pokémon activas una determinada flag. Al principio del script se debe comprobar si esa flag está activada, de manera que si lo está te manda a otro "script" digamos. No obstante esto puede ser complicado al principio, por lo que lo mejor es que busques un tutorial ;D