Mándanos una captura de ese mapa, a ver si te podemos ayudar...

Respecto al primer script:

'---------------
#org 0x804251
compare 0x401E 0x1
if 0x2 goto 0x880427F
applymovement MOVE_PLAYER 0x8804497
'...

Un compare nunca va a dar 0x2, ya que el compare hace lo siguiente:
Coge lo que pone en 0x401E, y mira si es igual al segundo argumento (en tu caso 1), si son iguales devuelve 1, y si son diferentes devuelve 0.
EDIT: Pues lo debía tener mal entendido :/