Pues yo creo que sobrescribiste el offset (dirección) que contiene el script de batalla en la ROM.
Creo que bastaría con rastrear ese offset y copiar los datos desde una rom limpia.

Igual si no logras solucionar tu problema, hay muchos hackers que saben mucho de Hex, KODY y Areku si mal no recuerdo y muchos hackers ingleses se desempeñan bien en éste campo.

En fin, suerte con eso y espero que se arregle, quiero jugar al GI.

PD: Podrías ver los bytes que cambian en una batalla corrida en una rom normal, localizar los datos y traspasarlos.