A ver.. si en advance map al gatillo (los scripts de pisar) le pones una variable que no está usada (400C x ejemplo), y luego en var Value en advance map pones 0000 (osea se fija q el valor de esa variable sea 0, si es 0, entonces el script funciona, al no ser usada es 0 entonces tendría q funcionar), entonces el script obligatoriamente tendría q funcionar, así que revisa que no estés usando una variable que tenga otro valor.
Luego, no se trata de aprenderte de memoria estructuras, si no entender... La mejor forma que tienes de entender es mirando tutoriales, y aun más importante, revisar cada script de ruby, y modificarlos para ver que pasa.

Te explicaré como funcionan las flags... Las flags son variables booleanas, osea variables que solo pueden adquirir dos valores, que son el valor de verdadero (1) o falso (0).
Las flags por defecto si no están usadas empiezan en falso (0).
Entonces ¿Qué es lo que pasa?
Tu las puedes utilizar para condicionar cuando quieres que ocurra una cosa, y cuando quieres que ocurra otra.
Para poner una flag a valor verdadero, el comando que utilizas es setflag, para pasarlo a falso, es clearflag, y para fijarte si una flag tiene determinado valor, lo que utilizas es el checkflag.
En el checkflag también tienes que revisar que valor es el que estás revisando..
Por ejemplo, si quieres que si la flag está en falso (0), recibas un pokemon, y si está en 1, no pase nada, entonces lo que tienes que hacer es:
#org 0xscript1
checkflag 0xflag
if 0x1 goto 0xscript2
givepokemon 0x .................................................
setflag 0x0flag
end

#org 0xscript2
end


básicamente en este script, empiezas con la flag en 0, entonces la primera vez q se ejecuta recibes al pokemon, pero además la flag pasa a tener el valor 1, entonces cuando se vuelva a ejecutar el script este al chequear la flag, verá que es 1 el valor (if 0x1..), entonces irá al script2...

Espero te sirva para entender como funcionan las flags, pero recuerda, nadie te puede enseñar todo, y no existen estructuras para nada, hay muchísimas formas de hacer lo mismo, así q tan solo investiga.