No te entendí muy bien, pero antes de responder tu duda, lee el spoiler
Si te refieres a que usaste la paleta 8 para tu árbol. Tendrás problemas...
Existen dos tipos de tilsets , el principal y el secundario.
El principal es en el que están tus arboles y montañas, etc (es el mismo para todos los mapas (generalmente) y usa las paletas 0, 1, 2, 3, 4 y 5), el secundario es el que varía dependiendo la ciudad y usa el resto de paletas menos la 7 (si quieres utilizar esta paleta, pues hay una manera, pero ese no es el tema xD!).
Dicho eso, los arboles se deben colocar en el tileset principal y usar solo las 5 primeras paletas.
Ahora la pregunta:
Si quieres poner otro árbol, lo más recomendable es hacer uno con las mismas paletas y agregarlo.
También puedes crear un árbol en un tilse secundario con paletas diferentes, pero limitarías su uso solo para algunos mapas.
O podrías usar otra paleta de los tilset primario (pero sacrificarías algo)
Espero que te sirva, cualquier cosa, preguntame ^^,