Eso es algo normal, no te preocupes. Lo que hace eso es impedirte que guardes partidas y puedas cargarlas, pero en una pagina llamada pokeplay o algo así te puedes bajar roms de pokémon, y junto a lo del fire red ponen un archivo ips para que parchees tu rom y puedas guardar y cargar partidas sin problemas. Por probarlo no pierdes nada, pero por si acaso has una copia de seguridad del hack, aunque lo mas seguro es que no tengas problema, ya que lo unico que hace es que puedas guardar partidas con normalidad...
PD:En ruby ese mensaje no es problema, ya que puedes jugar con total normalidad de todas formas...
Saludos, espero que te funcione... :D