El war no puede ir un pixel mas abajo porque sino como entras?

El problema que tienes no es ese, el problema es el comportamiento del bloque
Lo que debes hacer es abrir el AM, ir a la puerta (en el editor de bloques) y en comportamiento, poner:
Use door/warp (seguro que el tuyo esta en use warp )

Para que la puerta se anime, pues depende del tile, debe ser un tile animado.