Pues es muy posible que sea por los Mugs... Asegurate de lo siguiente:
Que sea un Rom sin ampliar (en caso de que el hack este hecho así)
Que sea un Ruby/Fire Red Inglés y Sin Mugs
Que el emulador funcione correctamente
Que el Lips funcione correctamente (Descargate otro para comprobarlo).
Que hayas aplicado el parche al rom adequado (Ruby o Fire Red)
Que hayas aplicado bien el parche (Primero eliges el parche y luego el Rom)
Si no es ninguna de estas, no sé lo que podrá ser.