Veamos, la idea es esta:

Tienes 3 posibilidades y dos combates.
Si usas un addvat en los dos scripts de batallas cuando ganes tendrías 3 opciones:
1. Pierdes las dos batallas, la variable estaria en 0 (porque no habría suma)
2. Ganas la primera batalla y obvias o pierdes la 2da, la variable estaría en 1 (solo sumas el 1er addvar)
3. Ganas las dos batallas, la variable estaría en 2 (sumas los dos addvar)

En ambos scripts de las peleas con el rival, tienes que poner:
addvar 0x8000 0x1
(8000 es un ejemplo, usa la que quieras)De esa manera, cada ves que ganes, la variable aumentara en uno.

Luego, en las batallas posteriores contra el rival(cuando eevee ya evolucionó) tendrías que hacer un script algo así(pongo en el ejemplo la variable 8000):

...
compare 0x8000 0x0
if 0x1 call @script1
compare 0x8000 0x1
if 0x1 call @script2
compare 0x8000 0x2
if 0x1 call @script3
...
Lo que haces es compara que el valor de la variable y de acuerdo a eso, elegir uno de los 3 scripts que hay, que serian 3 trainerbatle diferentes, cada uno con la evolución de eevee que quieras. continuando el ejemplo:

#org @script1
trainerbattle 0x3 0x214 0x0 0x86B5460
return

#org @script2
trainerbattle 0x3 0x217 0x0 0x86B5460
return

#org @script3
trainerbattle 0x3 0x211 0x0 0x86B5460
return

Obviamente los valores de los parámetros del trainerbatle serian los que tu quieras. Eso que puse son un ejemplo (Si no sabes los parámetros revisa una guía de trainerbattle )

Eso seria básicamente lo que necesitas, si no entiendes algo avísame =)
Saludos.