Claro, es que para eso no tienes que activar una flag, sino una variable. En el cabezal, donde dice lo de flag, ahí tienes que haber puesto una variable. Pues esa variable la activas al final del script con el comando setvar. No tienes que comprobar si está activada o no. Una vez activada, el script no se ejecutará automáticamente.
No sé si me entiendes xD