Pues puedes:
-Editar el ini de YAPE para que te admita más movimientos (en Zona de investigación salió un tema sobre esto)
-Usar ciertos programas que te permiten editar el número de ataques por nivel, como Pokémon Amplifier 2006 AE (no te lo recomiendo, al menos a mí, me da un bug extraño que afecta a los movimientos de Regice hasta Chimecho)
-O simplemente quitar movimientos que no vayas a usar a ciertos Pokémon para ponérselo a otros (por ejemplo, quitar los movimientos que aprenden después de su nivel de evolución)