1-Acomódalo con el editor de Bloques, eso es por que estás sustituyendo otros tiles
2-No se puede hacer eso, solo con el editor de Bloques
3-No se pueden tener colores de otras paletas en una paleta
4-disminuye la cantidad y calidad de colores, perdiendo una cuarta parte de su calidad(apenas se nota a veces), es que se inserta en formato BMP
5-No te entiendo, quieres decir una for encima del suelo o algo así?
6-Esos son NPCs o Overworlds o minis, como los quieras llamar

Si tienes dudas pregunta de nuevo, y si puedes mostrar capturas y epxlicarte te ayudaremos muchísimo más fácil
Suerte :3