Como te dice Kira el emulador no abre archivos .ips si no archivos .gba anteriormente parcheados.

Cuando parchear un ROM no tienes que abrir el .ips si no el archivo .gba que has parcheado y ya estará el juego montado en él.

Pff... no es difícil de entender ¿No?

Espero que te funcione, si no lo siento pero es imposible de explicar mejor.