Si, si hay riesgo; lo más probable es que si usas el comando #dynamic del XSE, lo que busca son los espacios vacíos donde quepa, muchas veces cuando ya lleva mucho camino el hack, queda justo, y eso puedo joder scrtips de la zona, aún así, tanto como joder el ROM no, a lo sumo uno o dos scrtips.
Pero también hay que tener cuidado, si as a compilar un script y el offset era 700000 y por accidente pones 70000, o aún peor uno menor, puedes joder algo importante sustituyendo algo escencial por tu scrtip, lo que puede ocasionar que se joda completamente.