Pues con sappy. Buscas la canción de la intro y sigues el tutorial Este http://wahackpokemon.com/es/tutorial-gba/musica-midi
Con la diferencia de que en voicegroup offset, tienes que poner el de la canción que quieras poner.
Ejemplo: si en la intro quieres poner la música de pueblo lavanda, buscas en sappy pueblo lavanda y cojes el offset del voicegroup ( 0x111111 por ejemplo) luego sigues el tutorial ese cogiendo el .s de pueblo lavanda, pero al modificar la canción tienes que poner y cambiar el voicegroup por el offset de pueblo lavanda, en este ejemplo, 0x111111.