Hay un truco para que NSE carge las paletas.

Le das a "import bitmap" e insertas el back del trainer, luego seleccionas "all" (imagen y paleta) e importas. (supongo que asi es como lo has echo tu)

Luego, ve a "edit">"palette" y le das a "save".

Tube el mismo problema al cambiar el back de viejo de ciudad verde, y me funciono asi