Puedes hacer dos simulaciones para quitarte ese pokémon de encima.
Uno es por el sistema de la guarderia -te obligaria a elegir uno..-
Y si es para borrar todos los pokémon del juego prueba poniendo este comando:

special 0xEF o special 0xf8

Uno de esos dos tendría que funcionar, si no no sé..

PD: la próxima vez, dí para que rom es ;)