¡Hey!
Pues no se me ocurre otra que usar el comando random, te voy a poner como sería:

#org 0xDir1(Direccion de nuestro script)
random 0x3 (Aqui asignaremos el valor del número de combates que haya al azar que quieras poner, en este caso 3 por ejemplo)
copyvar 0xVar1(asignaremos una variable) LASTRESULT(El numero que se genere, sera copiado en la variable que asignemos)
compare 0xVAR1(aquí ira la misma variable que usamos) 0x0 ' Para 1º trainerbattle
if 0x1 call 0xDIR2(Aquí la direccion de un trainerbattle)
compare 0xVAR1 (la misma variable que están usando) 0x1 (Porque 1, al final explico)
if 0x1 call 0xDIR3(aquí va otra dirección de otro trainerbattle)
compare 0xVAR1 (igual la misma variable) 0x2 (ahora porque 2, al final explico)
if 0x1 call 0xDIR4(la otra dirreccón del trainerbattle)
end

En definitiva quedaría así:

#org 0xDir1
random 0x3
copyvar 0xVar1 LASTRESULT
compare 0xVAR1 0x0
if 0x1 call 0xDIR2
compare 0xVAR1 0x1
if 0x1 call 0xDIR3
compare 0xVAR1 0x2
if 0x1 call 0xDIR4
end

#org 0xDir2
-
-
------Inserte aquí lo que quieras que ocurra antes del trainerbattle-----
trainerbattle 0x3 0x(Número del trainer) 0x0 0x(texto)
--------Inserte aquí lo que quieras que ocurra después del trainerbattle---
End


#org 0xDir3
-
-
------Inserte aquí lo que quieras que ocurra antes del trainerbattle-----
trainerbattle 0x3 0x(Número del trainer) 0x0 0x(texto)
--------Inserte aquí lo que quieras que ocurra después del trainerbattle---
End



#org 0xDir4
-
-
------Inserte aquí lo que quieras que ocurra antes del trainerbattle-----
trainerbattle 0x3 0x(Número del trainer) 0x0 0x(texto)
--------Inserte aquí lo que quieras que ocurra después del trainerbattle---
End


Es es todo colega, espero que te haya ayudado.

¡Venga, hasta luego!