Mira, es muy fácil (nah, es broma, no lo harás nunca):
Desensamblas el ROM entero (aprende ASM primero), y sustituyes todos los offsets por los nuevos.
Lo re-ensamblas, peleándote con el ensamblador para que meta los datos del ROM donde toca. Puede que tengas que modificar el código fuente de éste, pero en realidad sería más fácil escribir un script (no estoy hablando de los de pokemon, me refiero en python, o parecido) que pasara esos datos a ASM.
Lo juntas con un editor hex.
Cambias la primera instrucción del ROM, y la haces apuntar a un sitio cerca del final de ROM, donde insertas tu intro, previamente preparada. La puedes programar tanto con C/C++ como ASM, pero la tendrás que preparar para que funcione en el final del ROM. Puedes fijarte como funciona la intro MUGS.
Y ya está.
Pero puede que a alguien se le ocurra un método más imaginativo (e incluso posible).