Lo primero de todo decirte que el título no es adecuado ("Varias dudas sobre Advance Map" estaría mejor).
1 - Aprender a usar una herramienta es tan fácil como:
A) Coger una copia del ROM y abrirlo con la herramienta
B) Toquetear todos los menús y opciones hasta saber qué hace cada uno de ellos (y probablemente haber roto el ROM)
Sobre AM puedo decirte que en los movimientos permitidos el 1 no te deja pasar y la C (creo que era la C) si - pero siempre puedes mirar mapas ya hechos para este tipo de cosas.
2 - Hay herramientas que solo funcionan con ROMs en inglés, pero siempre hay alternativas, así que puedes usar ROMs en español.
3 - Eso que llamas paletas son "Tilesets" - conjuntos de tiles (baldosas). Busca tutoriales sobre insertar tiles para más información.
4 - Aprende a hacer scripts.
5 - Nunca lo he tocado, pero eso se llama worldmap (es un mapa de la región)
6 - Cuando estás en un mapa, puedes pulsar el botón de las 4 flechas para modificar las conexiones. También puedes usar warps, como en las puertas de las casas (busca, busca).