Mira, las flags especiales (Recibir Pokédex, Deportivas, etc..) Se pueden usar siempre que se quieran. Las que no son especiales solo una vez, pero en diferentes scripts teniendo imaginación y depende de lo que quieres hacer claro.
Te dejo un archivo .rar en el que hay dos .txt de las flags disponibles para Ruby y para FireRed:
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Espero que te sirvan ^^
Un saluder! :D