Es algo muy simple.

El Rom Hacking se trata de editar rom Originales de lo que sea, en este caso pokémon, y lo que se hace es que a traves de herramientas crear un nuevo juego, como por ejemplo los que tu has dicho, Blue Legend y todo eso...

En cambio el Rpg making se trata de crear tu juego (no editar), usando un programa llamado rpg maker xp. Con el creas un juego, si usas pokémon essentials seria un juego de pokémon. Pero claro tambien tienen muchas diferencias.

Espero haberte ayudado, ahora me acuerdo de un tema que habia una discusion sobre mas o menos esto, creo que deberias mirarla:

http://wahackforo.com/t-rom-hacking-vs-rpg-making

Un saludo!