Para hacerlo solo te queda una opción, hacerlo todo de nuevo en la neuva rombase, fijándote en como era lo anterior.

Por ejemplo, para los mapas, pues te vas fijando, a menos que haya una opción en el AM que te deje insertar un mapa de ruby en uno de fire red, que lo dudo xDD
Para los gráficos, igual. Sacarlos de un rom y meterlos en el otro.

No te queda otra, que yo sepa.

También está la opción de empezarlo todo de nuevo, pero mejor hecho, la cual te recomiendo, para perfeccionar y quitar errores.