Las flags se usan asi:
setflag 0xFlag 'Activa la flag
checkflag 0xFlag 'Chequea la flag, es decir, comprueba si está activada o no
clearflag 0xFlag 'Desactiva la flag

Es muy simple y fácil...
Un ejemplo:
#dynamic 0x800000
#org @inicio
checkflag 0x856
if 0x1 goto @flag
lock
faceplayer
msgbox @texto 0x6
setflag 0x856
release
end

#org @flag
lock
faceplayer
msgbox @texto2 0x6
release
end

#org @texto
= Toma, te doy este caramelo.

#org @texto2
= ¡Hey! Ya te he dado tu caramelo... No tengo más.

Es un ejemplo de como usar una flag.
Lo que he hecho ha sido al principio, poner un checkflag para que me compruebe si la flag 856 está activa o no. Si lo está, iría al puntero @flag directamente, pero como no lo está, se lo salta y sigue con el script. Entonces, al final del script, he puesto un setflag para activar la flag 856 para que el primer script no se ejecuta más, y que cada vez que hables con el personaje que lleve el script, haga el script del @flag y no el primero...
¿Lo entiendes verdad? Espero que sí... xD
No es tan difícil el uso de las flags cuando las entiendes un poco, ya verás ^^
Si tienes más dudas, postea!

Suerte y un saluder! :D