Emm... Checkflag lo que hace es comprobar si la flag esta activada o no, el comando checkflag no activa ni desactiva nada, solo comprueba.

Y para eso has de poner un setflag al final de un script, y en otro un checkflag con la flag que has usado. Por ejemplo:

#dynamic 0x800000
#org @inicio
checkflag 0x850
if 0x1 goto @flag
lock
faceplayer
msgbox @texto 0x6
release
end

#org @flag
faceplayer
lock
msgbox @texto2 0x6
release
end

#org @texto
= El primer texto

#org @texto2
= El segundo texto

ese sería el primer script.

#dynamic 0x800000
#org @inicio
lock
faceplayer
msgbox @texto 0x6
setflag 0x850
release
end

#org @texto
= El texto...

Y este sería el segundo script, el que activase la flag 850 para que en el primer script pueda ejecutar el script del puntero @flag.

Lo entiendes ahora? :)
Un saluder! :D