Emm... Has de cambiar la paleta del original por las que tu quieres. Creo que con el Sphere... o directamente con el UnLZ.
Claramente que no se van a ver las paletas que tú has insertado, si en ese sprite, las paletas eran distintas...
No recuerdo como se hacía, pero en la web creo que hay un tuto de como hacerlo que te puede ayudar... o por el foro, si buscas seguro que encuentras!
Pero el problema es ese, has de cambiar las paletas originales, y poner las que lleva el nuevo, por orden! Creo que con Sphere o CMP...

Un saluder! :D