Mmm, el Lunar IPS te lo recomiendo descargado de WaH. Apartado de descargas de Wah:

Herramientas de Pokémon rom-hacking GBA | Whack a Hack! - Descarga

Descargate el bueno y vuelvelo a intentar. Si sigue sin funcionar prueba a cambiar la configuracion del VBA. Yendo a Options < Emulator < Save Type < Flash 128k (esto lo haces porque a veces algunos juegos no pueden soportar la configuracion de VBA). Y si sigue sin funcionar... Vuelve a postear XDDD.

EDIT: Tambien se me ha ocurrido que cuando parchees puede ser que con el VBA intentes abrir el archivo IPS. Por si acaso te digo que con VBA debes abrir el archivo GBA cuando esta parcheado.

Un saludo!