En la parte de la izquierda (donde sale el tileset que ves en AM), haz click en el tile que quieres sustituir por el tuyo. Va a aparecer en esos 2 cuadrados que en tu imágen salen en negro. Haz click en el tileset de abajo al centro (el de los tiles de 8x8) sobre cada uno de tus tiles y ve poniendolos sobre los 2 cuadrados que según tú "salen mal". El cuadrado que dices que "sale bien" indica que tile de la paleta de abajo tienes seleccionado.
Mira, si te sirve, yo aprendí a insertar tiles en la escuela de mapping de pyro: http://wahackforo.com/74471-post59.html