Porque, tienes que cambiar las paletas con APE, buscas la dirección de la paleta del backsprite y la abres con APE, desde ahí editas la paletas.
No se si esto funciona, (funciona con los Sprites de Pokémon), que en el NSE pongas Edit Palettes y en la pestaña que se abre cargues la paleta y pongas Save/Guardar.