La mayoría de herramientas de RH se han escrito con Ruby y Fire Red (versiones americanas) en mente, haciendo que si las usas con Verde Hoja, por ejemplo, se corrompan datos y pasen cosas como la que te ha pasado. Es por eso que yo, igual que todos los que han respondido antes, te recomiendo que uses Ruby o FR como base.
Por otro lado, si quieres salvar tu ROM, puedes pasarte por aquí: http://wahackforo.com/t-bbcode-arreglando-el-rom-con-cosarara97 (Atención: nivel avanzado)