Esto no se considera off-topic, todas las Dudas de RH van en esta sección, sean de pokémon o no.
Sappy solo funciona con los ROMs que usan el mismo engine de sonido que los juegos de pokemon (inicialmente descubierto con el Sapphire, del que viene el nombre). Ese engine es el oficial de nintendo, y oficialmente se llama M4A, aunque también es conocido popularmente como Sappy (sí, igual que la herramienta).
Puede que se pueda configurar algo y hacer que funcione, pero tal como dice el error, lo más probable es que estos juegos usen una versión diferente del engine o directamente no lo usen.