Sospecho que se necesita trabajar con algún Script... Algo como por ejemplo un flag, te explico como sería:

1. Al elegir el Starter el flag del Starter que elegiste se activa.
2. En el script de la ruta 1 (donde están todos los pokes salvajes) le pones un "Si lógico" (que no recuerdo exactamente cómo era) y pones los 3 startes, si el flag está activado el si no se ejecuta.

Eso podría funcionar.