Bueno es un error bastante común, a mi me sucedía mucho, primero te recomiendo que descarges Character Maker Pro (Puedes descargarlo de AQUI).

En este programa podes abrir el tile del árbol que quieres editar y ver todos los colores que tiene. Tiene que tener menos de 16. de ahí puedes cambiar la paleta de colores de Advance Map con los colores que figuran en el Character Maker Pro.

Ten cuidado porque no siempre se pasan bien los colores, eso lo puedes corregir manualmente.