Buenas, acabo de probar a hacer lo que dices a ver si a mí también me sucedía lo mismo, pero resulta que no me sale ningún error.
Te aconsejo que pruebes a descargarte de nuevo cada una de esas herramientas, por si tienes una versión anterior o dañada, aquí te dejo unos links.
YAPE
PET

Si siguen saliendo los errores, no se me ocurre qué podrá ser, ya que lo más seguro es que estén dañadas las herramientas.

¡Suerte con tu proyecto!