A lo mejor es porque utilizaste más colores de lo permitido.
A mí me pasó una vez en el Sprite Editor, aunque me salían los colores cambiados
nada más importar el sprite, sin necesidad de poner el rom. Vigila el número de colores, en el rubí/zafiro/esmeralda, son 16 los permitidos.
También puede ser por el formato de imagen, ponlos en formato png, no el bmp* o se cambiaran los colores.

Espero haber sido de ayuda.

Salu2 y suerte!

Lon