Que yo sepa no se puede empezar un Rom desde cero.Así que te cuento:

Pues a ver. El A-Map sirve para editar los mapas crear, nuevos lugares donde poner tus script (postes gente etc), para poner las conexciones con otros mapas, poner tiles nuevos y demas historias relacionadas con el mapa.
Para editar al entrenador necesitas otros programas. Si te refieres a otra cosa con lo editar la partida del personaje avisame por MP

Puedes hacer un juego desde cero cambiando todos los mapas y todos los script y pokemons sprites y demas

Los dialogos puedes modificarlos con otro programa a parte. Mirate las tutoriales para saber como hacer cada cosa que se te ocurra o crea temas con dudas.

Facilitarte un único manual sobre todo es muy dificil asi que te recomiendo que empieces por saber que es lo primero que quieres modificar y ver los tutoriales sobre ello.

Saludos!!