Bueno, por eso se llama "Hack Rom" por que modificas los juegos, no por que lo haces de 0.
Y pues, como ya te diste cuenta, no es el único programa que existe, hay infinidad de programas cada uno con una función distinta.
El A-map, sirve básicamente para editar los mapas y tal. Pero junto con el XSE, puedes hacer tus scripts (dialogos, eventos, etc...)
Quizá esta guía te sirva de introducción...
Empezar en Pokémon rom hacking - Wahackpedia
Y te recomiendo que te pases por la sección de tutoriales de la web, o busques de otros usuarios..
suerte! ^^