despues voy a Edicion de Paletas desde Paletas > Editar Paletas o bien Shift + E
Y luego te aseguras que el color transparente esta en primer lugar, despues clickeas en Colores 15-Bits y das a aceptar
Y guardas imagen como 16 colores :3 asi lo hago yo cuando me surge ese problema y se soluciona. Saludos!!