Si agregaste a un Pokémon en alguno de los 25 espacios libre, no puedes ponerlos para que aparezcan en batalla salvaje, como estos no tienen entrada en la Pokédex, suele dar diferentes errores.

Es mejor obtenerlos por givepokemon, giveegg, trade o como cria en el daycare, luego ya puedes hacer que aparesca de manera salvaje sin que cause problemas.

Espero haberte ayudado.
Saludos.